국민권익위원회는 21일 세법상 부과제척기간이 지났더라도 영농조합법인의 식량작물재배업소득에 대한 감면을 적용해 법인세를 환급해 주도록 국세청에 의견표명 했다고 밝혔다.  

A영농조합법인은 지난 2016년과 2017년 귀속분 법인세를 신고하면서 식량작물재배업소득에 대해서 법인세 감면을 적용해 과세관청에 신고했다. 과세관청은 조세특례제한법 시행령에 따라 농어업경영체등록확인서를 제출해야만 법인세 감면대상에 해당한다고 보고 이를 제출하지 않은 A영농조합법인에 대해 감면받은 세액을 추징했다. 당시 해당 법인은 불복 신청을 하지 않고 법인세를 자진납부했다. 

반면 A영농조합법인과 같은 내용으로 법인세를 부과받은 B영농조합법인은 이에 불복해 법원에 행정소송을 제기했다. 대법원은 지난해 3월 조세특례제한법 시행령상 농어업경영체등록확인서를 제출하도록 한 규정은 조세특례제한법의 위임을 벗어난 것으로, 농어업경영체등록확인서 제출이 법인세 감면을 위한 필수적인 요건은 아니라고 결정해 B영농조합법인이 최종 승소했다. 

국세청은 대법원 판결에 따라 감면을 적용하지 않고 추징한 법인세를 직권으로 취소하고 환급해 줬으나 세법상 부과제척기간이 경과한 경우에는 소송 당사자가 아니면 부과처분을 취소할 수 없다는 이유로 2017년 이전분에 대해서는 환급해 주지 못하고 있었다. 

이에 A영농조합법인은 이미 납부한 법인세를 환급해 달라며 국민권익위에 고충민원을 신청했다. 

권익위는 이와 동일한 내용으로 법인세를 부과받은 조합법인이 더 있을 것으로 보고 국세청의 협조를 받아 전체적인 실태를 파악했다. 그 결과, 법인세를 부과받은 영농조합법인이 2700여 곳, 법인세 총액 170억 원에 이르는 것으로 나타났다. 

권익위는 옛 조세특례제한법 제66조에서 영농조합법인을 법인세 면제요건으로 하고 있는 점, A 영농조합법인은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 점, 대법원도 농어업경영체등록확인서 제출은 협력의무에 불과하고 법인세 감면 요건에 해당하지 않는다고 판시한 점 등을 종합적으로 고려했다. 

이에 비록 세법상 부과제척기간이 지났더라도 A영농조합법인에 법인세 감면을 적용해 환급하고 이와 동일한 내용으로 법인세를 부과받은 나머지 2700여 영농조합법인에 170억 원의 법인세 감면을 적용해 환급하는 것이 타당하다고 결정했다. 

국세청은 권익위의 결정을 받아들여 부과제척기간이 경과한 영농조합법인에 대해서도 조속한 시일 내에 법인세 부과처분을 취소하기로 했다. 

또한, 국세청은 지난해 세법 개정으로 지난 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터는 농어업경영체정보를 등록해야만 법인세를 감면받을 수 있다는 사실을 영농조합법인들에 적극 안내할 예정이다. 

양종삼 국민권익위 고충처리국장은 '이번 결정으로 국가 식량안보의 한 축을 맡고 있는 전국 영농조합법인들이 세법상 미비로 적용받지 못할 뻔했던 감면 혜택을 받아 170억 원의 세금 부담을 덜 수 있게 됐다'며 '앞으로도 민원 처리에 납세자가 세법상 혜택을 충분하게 받을 수 있도록 최대한 노력하겠다'고 덧붙였다.